Harlock, người chống lại giai cấp thống trị trên Địa cầu và đấu tranh vì loài người, cùng với 40 đồng đội trên chiếc tàu vũ trụ "Arcadia" bất khả chiến bại của mình.Năm 2977, một trận đại chiến xảy ra trên khắp toàn vũ trụ. Khi mà nguồn tài nguyên ngoài vũ trụ trở nên cạn kiệt, Trái Đất bỗng lại trở thành nguồn tài nguyên vô giá đối với loài người.

Tuy nhiên, nơi đây lại đang bị Liên minh Gaia thối nát kiểm soát và cai trị. Thuyền trưởng Harlock cùng phi hành đoàn trên chiếc phi thuyền Arcadia giờ là niềm hy vọng cuối cùng của loài người trong việc khám phá những bí mật và đánh bại Liên minh Gaia...